МБОУ «Гимназия № 45» структурных подразделений не имеет.

Управление гимназией осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.

Единоличным исполнительным органом гимназии является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью учреждения. В гимназии формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся:

• общее собрание работников,
• педагогический совет,
• совет гимназии.